O produtor, David Heyman, já pretendia filmar Harry Potter e a Pedra Filosofal desde 1997, quando J.K. Rowling e seu personagem ainda eram totalmente desconhecidos. A autora comenta que ficou encantada quando ele revelou que sua personagem preferida era Hermione, pois ela tinha certeza que ele responderia Rony.
A própria J.K. Rowling escreveu as cenas em que Voldemort mata os pais de Harry.
Devido a intensa participação de J.K. Rowling na produção do filme, o lançamento do livro "Harry Potter e a Ordem da Fênix", que era previsto para meados de 2002, acabou atrasando.
Steven Spielberg, Terry Gilliam, Jonathan Demme, Rob Reiner e Brad Silberling foram cotados para dirigir Harry Potter e a Pedra Filosofal, mas Chris Columbus foi o escolhido porque prometeu ser fiel ao livro (o que lhe rendeu muitas críticas pela imprensa) e possuía experiência em trabalhar com atores jovens.
O diretor (Chris Columbus) e o roteirista (Steve Kloves) são americanos.
O compositor da trilha-sonora é John Williams, que sempre trabalhou em filmes de grande bilheteria: todos os filmes da série Star Wars, Parque dos Dinossauros, os três filmes da série Indiana Jones, E.T., Tubarão, Contatos Imediatos de Terceiro Grau, O Resgate do Soldado Ryan, Amistad, Superman, entre vários outros...

O primeiríssimo "membro do elenco" a ser escalado foi a coruja Ook, de 16 anos, que "interpreta" Edwiges, o mascote de Harry.
A autora J.K. Rowling insistiu para que todo elenco fosse britânico e a história fosse rodada no Reino Unido, porém houveram algumas exceções:
Zoë Wanamaker, embora seja conhecida como atriz "britânica", na realidade, é americana. Ela interpreta Madame Hooch, a instrutora de quadribol.
Eleanor Columbus, filha do diretor Chris Columbus, que interpreta a aluna Susana Bones, nasceu nos EUA.
A equipe de produção sempre fez questão de pedir a opinião de J.K. Rowling e, quando perguntada sobre quem ela imaginaria interpretando seus personagens na tela, comentou: "Robbie Coltrane é a cara de Hagrid": Ele acabou sendo o primeiro ator adulto a ser escalado para o elenco.
Após realizar testes com mais de 16 mil crianças para o papel de Harry Potter, a primeira diretora de elenco decidiu pedir demissão: Mais de 60 mil crianças precisaram testadas antes de Daniel Radcliffe ser escolhido para interpretar o personagem.
Richard Harris somente concordou em interpretar Dumbledore porque seu neto, de 11 anos, ameaçou não falar mais com ele.
O ator Tim Roth foi chamado pelos produtores do filme para interpretar Severo Snape, mas recusou para representar o papel de um vilão símio no filme O Planeta dos Macacos.
Comenta-se que os atores Alan Rickman (Severo Snape) e Robbie Coltrane (Rúbeo Hagrid) já sabem o destino final de seus personagens.
O personagem Pirraça acabou não aparecendo no filme, apesar de Rik Mayall, seu intérprete, ter gravado algumas cenas.
Durante a filmagem, todos os jovens atores estudaram com professores particulares em tendas montadas no estúdio.

O filme é conhecido como Harry Potter and the Philosopher's Stone em todo o mundo, exceto nos Estados Unidos, onde chama-se Harry Potter and the Sorcerer's Stone. Por isso, todas as cenas em que a pedra filosofal foi mencionada tiveram de ser filmadas duas vezes: uma vez como philosopher e outra como sorcerer.
Ao ser anunciado que a Catedral de Gloucester (na Inglaterra) seria usada para algumas cenas de Hogwarts, foram enviados vários protestos aos jornais locais, alegando ser uma blasfêmia e que a equipe do filme seria impedida de realizar o seu trabalho: As filmagens ocorreram sem maiores problemas, pois apareceu um único manifestante vestido de queijo suiço...
A Plataforma 9 e 3/4 foi filmada na verdadeira estação de King's Cross, mas entre as plataformas 4 e 5.
A cabana usada durante as filmagens como a cabana de Hagrid foi demolida, caso de alguns fãs do filme quisessem invadi-la.
Numa das cenas em que Harry, Ron, e Hermione conversam com Hagrid, ele está tocando uma das músicas da trilha sonora do filme em sua flauta: Hedwig's Theme.
A inscrição no Espelho de Ojesed diz, lendo-se de trás para diante: "Eu não mostro o seu rosto, mas os desejos do seu coração."
Um dos retratos, na cena das escadas que se movem, é uma pintura da segunda mulher do rei Henrique VIII, Ana Bolena: popularmente se acreditava que ela fosse uma bruxa.
No troféu de quadribol do pai de Harry também constam os nomes de M.McGonagall (referindo-se a Prof. Minerva McGonagall) e de R.J.H.King (referência a John King, o diretor de arte do filme).
Como treinar roedores é muito demorado, Perebas, o rato de Rony, foi feito por computação gráfica...
O Harry Potter do filme, apesar de ser descrito no livro como tendo olhos verdes, possui olhos azuis porque Daniel Radcliffe não se adaptou com o uso de lentes de contato.